Dans ce billet de weblog, Nicola Jackson partage les résultats de leur dernière étude étudier remark l’échantillonnage de particules d’air pour détecter l’ADN peut être utile pour surveiller et conserver les koalas.
Perché en hauteur dans un eucalyptus, se balançant d’un côté à l’autre, se trouve un koala endormi, ignorant les moyens dépensés chaque année pour essayer d’obtenir des informations de base précises sur sa présence. Nous avons déployé tout ce que nous pouvions, des enquêtes menées par des humains aux repérages nocturnes, en passant par la bioacoustique, les chiens détecteurs et les drones équipés de caméras thermiques. Pourtant, bien qu’elle soit essentielle à ses efforts de conservation et de gestion, la recherche d’un koala reste une entreprise ambitieuse, longue et coûteuse, produisant souvent des résultats insuffisants. Nous ne savions pas que les traces de la présence des koalas et de leurs prédateurs ainsi que d’autres espèces indigènes, domestiquées et envahissantes flottent dans l’air et peuvent être détectées grâce à des traces d’ADN.
Nous présentons ici un nouvel outil prometteur pour détecter les espèces menacées : l’ADN environnemental aéroporté (air eDNA). Cette approche innovante et prometteuse offre une resolution potentiellement évolutive, abordable et facile à utiliser pour la gestion et la conservation des espèces. L’ADNe aéroporté implique la collecte de particules en suspension dans l’air, telles que le pollen, les cellules de la peau ou les cheveux, qui sont rejetées dans l’environnement par les plantes et les animaux. En rassemblant ces particules, nous pouvons extraire l’ADN environnemental (ADNe) pour découvrir des informations sur les espèces présentes dans une zone donnée. L’ADNe a été collecté à partir d’une gamme de substrats, notamment l’eau, le sol, le miel et même les toiles d’araignées.
Pour tester cette technologie dans la détection d’une espèce menacée, le koala, notre équipe de l’Université du Queensland a déployé des filtres en tissu pour collecter les particules susceptibles de flotter dans l’air. Ceux-ci ont été déployés sur quatre websites à Redland Bay, dans le sud-est du Queensland. En séquençant l’ADNe collecté à partir de ces filtres, nous avons pu détecter la présence d’une gamme d’espèces différentes dans le paysage. Ceux-ci comprenaient des espèces indigènes d’Australie, l’antéchinus à pattes jaunes, les opossums ringtail et brushtail, et bien sûr notre objectif principal, le koala. Nous avons également détecté certaines espèces domestiques courantes, comme le cheval, la vache, le chien et le cochon, ainsi que des espèces envahissantes menaçantes comme le renard roux, le lièvre européen et le crapaud géant.
Bien que les détections qui en résultent soient prometteuses, nous reconnaissons également qu’en tant qu’idée encore balbutiante, l’ADNe aéroporté peut être sujet à certains problèmes de jeunesse. Par exemple, comme pour d’autres varieties d’ADNe, comme l’ADNe aquatique, une grande partie des séquences produites ont été attribuées aux humains et à d’autres espèces très abondantes dont les humains dépendent pour leur alimentation et leur agriculture. Ces détections absorbent de précieuses lectures de séquençage, masquant potentiellement la détection de celles qui peuvent être peu abondantes, comme par exemple les espèces menacées. Nous avons également constaté que notre plus grande limite à la détection des espèces depuis les airs était le manque de matériel génétique de référence pour nous aider à identifier les espèces.
Malgré ces difficultés naissantes, nous démontrons que l’ADNe aéroporté présente une méthode prometteuse pour la détection et la surveillance des espèces menacées et de leurs communautés écologiques. Nous discutons de ces résultats, de certaines des difficultés auxquelles l’ADNe aéroporté est confronté et de la manière dont nous pourrions commencer à utiliser cette technologie pour surveiller nos espèces menacées dans notre doc de recherche en Journal d’écologie appliquée.
Lire l’article complet : « Koalas, amis et ennemis – l’software de l’ADNe aéroporté pour la biosurveillance des espèces menacées » dans Journal d’écologie appliquée.
